I suoi contributi sperimentali sono stati fondamentali per la comprensione dei meccanismi biologici dello sviluppo embrionale degli animali superiori e dell’uomo. É stato fra i primi, nel 1985, a comprendere il significato delle nuove scoperte sul controllo genetico dello sviluppo della drosofila e ad estenderle allo studio degli esseri umani. Con il suo gruppo di lavoro ha individuato e caratterizzato una famiglia di geni, detti omeogèni, che controllano il corretto sviluppo del corpo, dalla testa al coccige. Queste scoperte sono riconosciute come una pietra miliare della biologia di questo secolo, se non della biologia di tutti i tempi. A partire dal 1991 si è poi dedicato alla studio del cervello e della corteccia cerebrale individuando altre due famiglie geniche che giocano un ruolo cruciale in questi processi. Ha mostrato inoltre come tutto questo possa avere delle applicazioni mediche, immediate e a più lunga scadenza.

Quanto scritto sopra è quanto riportava di sé stesso il suo sito. Quello che aveva fatto nella sua vita di scienziato. Non poca roba. Ma c’è stato molto di più: e ne sono un parziale esempio i 77 libri che ha scritto, prevalentemente divulgativi, perché aveva una grande capacità di avvicinare ed interessare un pubblico privo delle basi per comprendere, non perché fosse stupido ma semplicemente perché l’evoluzione umana da un punto di vista di un genetista non è di immediata comprensione.

Boncinelli su quanto ha rilevato dell’uomo, ci ha riflettuto, gli ha dato un peso filosofico non solo biologico. Questo lo ha reso una delle menti più brillanti del secolo scorso e di un quarto di questo secolo.